Tworzę sobie projekt gdzie piszę kod pod kilka różnych mikrokontrolerów i dla każdego z nich mam utworzone projekty Eclipsowe. W takiej sytuacji jak byście tworzyli repozytorium GIT?
Jedno repozytorium na cały projekt? (kod dla różnych mikrokontrolerów rozwijany na osobnych gałęziach)
Czy może oddzielne repozytoria dla każdego projektu?

Wydaje mi się, że osobne repo per projekt - branche nie są do tego. Rozumiem, że branche różniłyby się "plikami konfiguracyjnymi/makefilami"? Wtedy jakbyś chciał porównać jakieś branche zawsze w różnicach miałbyć dużo rzeczy właśnie od konfiguracji co nie jest potrzebne i tak samo przy mergowaniu zmian.

Jest jeszcze opcja, żeby ujednolicić system budowania na wspólny - nie wiem jaki macie system budowania itp - więc trudno mi to polecić - tu będzie sporo pracy. Wtedy np. w makefilu/CMake dajesz do kompilacji inne moduły pod konkretne procki, ale musisz zapewnić, że interfejsy są takie same.

Jeśli masz jakieś części wspólne/uniwersalne moduły dla kilku projektów - można je wydzielić do osobnego repozytorium (to bardzo polecam) - doczytaj o "git submodules" lub o "subtree" (oba mają różne cechy - trzeba dobrać pod projekt, co się lepiej sprawdzi) - dodatkowo to wymusi na was lepszą organizację katalogów/wydzielenie plików konfiguracyjnych itp.

Nie wspomniałeś, czy "różne mikrokontrolery" to są totalnie różne rodziny (np i AVR i STM32), czy mają taki sam system budowania, czy używasz CDT, czy własnych makefile/CMake itp. Może wyjść nawet tak, że jeśli jest to jedna rodzina STM32 wystarczy dobrze ogarnąć eclipsowe "build targety" i zamknie się to we wspólnym jednym projekcie dość łatwo (i żeby było "śmiesznie" wcale nie wyklucza się to z submodułami itp).