W edytorze schematów odpal Tools -> ERC i popraw wszystkie elementy w sekcji Consistancy Errors w twoim przypadku test znalazła 12 szt.

,

lub w katalogu projektu wróć do wcześniejsze wersji płytki i pcb.
Eagle kolejne wersje zapisuje w ustalonych odcinkach czasu w plikach z rozszerzeniem
nazwa_projektu.b#nr_wersji i
nazwa_projektu.s#nr_wersji np. dla twojego projektu Can_Atmega64.s#1 dla schematu i Can_Atmega64.b#1 dla płytki pcb jest ich ok. dziesięć, wszystko zależy co masz ustawione w module Control Panel -> Options ->Backup.., musisz posprawdzać, niestety ręcznie zmieniając rozszerzenie najlepiej w osobnym katalogu na *.sch i *.brd.