Witaj,
dobrze że zauważyłeś rozbieżność w pinach ISP na etapie projektowania, bo wielu początkujących nie zwraca na to uwagi.
Jeśli podepniesz programator zgodnie z dokumentacją czyli do pinów ISP, to USBasp będzie działać bez najmniejszych problemów.
Dodatkowo podpowiem, że jeśli zależeć ci będzie na funkcjonalności UART-a, (a jego piny są wspólne dla ISP), to rzuć okiem na ten schemat:
http://atnel.pl/Upload/image/ATB-SHIELD ... ematic.png - gdzie zastosowano multiplexer 4043D, dzięki czemu można bez kolizji programować układ korzystając jednocześnie z dobrodziejstw UART.
Edit:
Znalazłem jeszcze dwa tematy na forum z tym związane:
topic8870.htmltopic8790.html