Nie wiem czy to ja źle rozumiem Twój tok rozumowania, czy Ty nie do końca rozumiesz jak działa timer w trybie FastPWM...
Timer skonfigurowałeś w tryb FastPWM który może generować sygnał PWM tylko na dedykowanych pinach procesora. Dla timera1 który wybrałeś mogą być generowane dwa takie niezależne przebiegi PWM jeden na pinie PD5(OC1A), a drugi na pinie PE2(OC1B). Oczywiście jeśli sygnał ma być generowany trzeba pin ustawić jako wyjście.
Szerokością impulsu PWM sterujesz wpisując do odpowiednich rejestrów(OCR1A oraz OCR1B) liczbę która jest stale porównywana z licznikiem timera. W momencie gdy licznik zaczyna liczyć od "0" na wyjściu jest ustawiana 1 (lub zero w zależności od ustawienia) a w momencie gdy licznik zliczy do wartości która jest wpisana do rejestru stan jest zmieniany na przeciwny. Gdy licznik się przekręci czyli zacznie znowu od zera znów stan wraca na 1 i cykl się powtarza.
Z tego co pisałeś pin PE2 masz wolny tak więc bez problemu możesz wykorzystać go do wyprowadzenia pojedynczego sygnału PWM...
No chyba że chodzi Ci o coś zupełnie innego a ja źle zrozumiałem - to musiał byś dokładniej opisać co ma robić i kiedy ten "komputer"

Licznik zlicza do przepełnienia.
Co do przerwań to nigdy tego nie sprawdzałem ale wydaje mi się że powinny działać pomimo trybu FastPWM.

jeśli już to PORTE & (1<<PE2) ale generalnie tak.