Z tego co widzę korzystasz ze strony advantecha więc pewnie "siedzisz" w automatyce.
Jesli chodzi o automatykę najlepszym protokołem będzie Modbus RTU, ponieważ będziesz mógł "dogadywać" się z innymi sterownikami PLC bądź modułami I/O.
Wracając do tematu polecam Ci tę stronkę na której autor przedstawił projekt implementacji protokołu Modbus RTU na procku atmega. Jest tam cały kod na procek plus wyjaśnienie. Po prostu rewelacja!!!
http://developrog.com/index.php/categories-of-articles/temporary-unnamed-categories/item/86-modbus-implementation-on-atmel-avr-mega-devices-cost-1-only