Eclipse:
https://eclipse.org/downloads/packages/eclipse-ide-cc-developers/lunar ściągasz wersję Luna (albo Mars jak masz żyłkę przygody), rozpakowujesz, wrzucasz katalog do swojego HOME. Ściągasz atmel toolchain:
http://www.atmel.com/tools/atmelavrtoolchainforlinux.aspx (atmegi to avr 8-bit), rozpakowujesz i też wrzucasz do HOME. Resztę narzędzi (make, avrdude) instalujesz z repozytoriów swojej dystrybucji. Uruchamiasz Eclipse (musisz mieć zainstalowaną javę, dla Luny to zdaje się 1.7, ale pewnie i tak już masz). Instalujesz avr plugin wg tego:
http://forum.atnel.pl/topic4560.html#p55234. Dalsza konfiguracja mniej więcej wg poradników Mirka (ścieżki trochę inaczej: dla avr-gcc i header files podajesz ścieżkę do ściągniętego toolchaina, dla avrdude i make zostawiasz ścieżki systemowe). Programator: jeśli usbasp to praktycznie wystarczy tylko wybrać z listy i powinien działać (ale nie pamiętam czy nie trzeba poustawiać jakichś uprawnień). Debugger na linuksie to jakaś lipa więc sobie odpuszczamy. No i to mniej więcej tyle.
------------------------ [ Dodano po: 4 minutach ]Podejrzewam, że elipse w repo będzie jakieś muzealne, lepiej sobie ściągnąć świeżutką wersję z eclipse.org. Soft nie ciągnie żadnych zależności więc wystarczy go sobie rozpakować gdzieś poza systemem.