napisałeś, że złożyłeś sobie "drugi" matrix, czyli w zapasie masz sprawny matrix "pierwszy", więc masz możliwości podłączenia sprawdzonej "pierwszej" matrycy po sterownik "drugi" i odwrotnie.

Ja na twoim miejscu sprawdziłbym samą matrycę podłączając pod zestaw uruchomieniowy ATB.

wszystkie diody zapaliłeś programowo?
czy diody świecą po podłączeniu zasilania?
czy MkCalculator prawidłowo wykrywa procka?

wgrywając program "matrix328" jak wygląda zapalanie diod w trzecim elemencie matrycy?
przeanalizuj multipleksowanie i będziesz wiedział jak zachowują się rejestry przesuwne.
sprawdź dokładnie ścieżki na pcb matrycy.

w sumie to za dużo diod nie świeci ale ja bym jeszcze bateryjką przez rezystor sprawdził diody w tym trzecim elemencie matrycy.