Trochę nie rozumiem pytania, ale w 2 przypadku też zapalają się po kolei, ale na oko widać, że jednocześnie, bo to odstęp rzędu mikrosekund jest, potem masz opóźnienie zauważalne dla oka i znów diody po kolei zmieniają stan, na oko jednocześnie.

W przykładzie pierwszym, po każdej zmianie stanu na pojedynczym pinie portu B program jest zatrzymywany na pół sekundy, dlatego stan każdej z diod też zmienia się po kolei co pół sekundy.

W przykładzie drugim, zmieniasz stan na trzech pinach portu B, a dopiero potem zawieszasz program na pół sekundy. Jako, że dzieje się to niemal w mgnieniu oka (nie ma delayów między poszczególnymi pinami), więc

Cześć Misiek_86

W pierwszym przykładzie masz zastosowane _delay_ms(500);
i one zatrzymują Ci działanie programu na czas 500 ms
po tym czasie zapalą ci LED na porcie PB0
następnie zostanie zatrzymane działanie programu na 500 ms
i po upływie tego czasu zostanie włączony port PB1 i włączona
dioda LED nr2
i dalej będzie tak samo
_delay_ms(x); zatrzymuje ci działanie programu na czas jaki podasz między nawiasami
dla tego delay może czasami namieszać w kodzie

W drugim przykładzie zapalasz od razu wszystkie porty PB0,PB1,PB2
i dopiero potem zatrzymujesz działanie programu na 500 ms

W trzecim przykładzie również najpierw wykonujesz wszystko co jest powyżej
delaya a następnie zatrzymujesz działanie programu na czas 1 s czyli 1000 ms