14000 obr/min to ok. 233 obr/s, przy enkoderze o rozdzielczości 12 impulsów daje sygnał na wyjściu enkodera o częstotliwości ~2,8kHz (0,35ms) a to troche za dużo jak na programowe badanie pinów, czy obsługę przerwań jeżeli w gre wchodzi wykonywanie innych zadań. Najlepiej byłoby to załatwić sprzętowo np. podając sygnał z enkoderów na wejścia T0 i T1 jako zewnętrzny sygnał taktujący dla timerów, a potem w programie co jakiś ustalony okres czasu sprawdzać rejestry TCNT tych timerów i na tej podstawie liczyć aktualną prędkość. Tylko w przypadku ATmegi32 daje to możliwość obsługi jednego enkodera z wykrywaniem kierunku obrotów lub dwóch enkoderów z brakiem informacji o kierunkach, którą jeśli sterujesz jakimś mostkiem h możesz brać z jego aktualnego wysterowania, czy ma obracać silnikiem w prawo czy lewo, więc teoretycznie możesz pominąć badanie kierunku za pomocą enkoderów

, chyba że potrzebujesz dodawania/odejmowania impulsów w zależności od kierunku to na atmedze ciężko będzie z obsługą dwóch enkoderów.