Czyli niech wykonują się co 1 sekundę oba. Ale np. jeśli w OCR1B jest 50% tego co w OCR1A to po prostu przerwanie będzie przesunięte o 0,5 sekundy względem siebie?
Jak używamy dwóch OCR to muszą być dwie obsługi przerwań? 2 przerwania (A i B) na 1 timerze?

Dokładnie tak.

Jeśli chcesz użyć przerwań od kanału A i B to muszą być dwie funkcje obsługi przerwań.

Prescaler zmieniłem dla siebie aby było co 1 sek bo gdy było 1024 to wychodziło z liczbą po przecinku.
I faktycznie najpierw wykonuje się przerwanie B a potem A trwają tyle samo czyli 1 sek tylko jedno wyprzeda drugie o 0,5 sek.
Dziękuje Jacek!