Ustawienia dotyczące warstw znajdziesz w DRC zakładka Layers. W pole
"SETUP" trzeba wpisać magiczną

formułę która będzie odwzorowywała budowę PCB, wygląda to tak:
X*Y - znak mnożenia oznacza dwie warstwy X i Y (ich numery) które oddzielone są laminatem (core),
X+Y - znak dodawania oznacza dwie warstwy X i Y które będą oddzielone elastyczną warstwą izolacji (prepreg)
(...) - nawiasy oznaczają tę część PCB która zostanie przewiercona w celu wykonania przelotek
[t: ... :b] - oznacza przelotki ślepe przechodzące od warstwy górnej (1-top) aż do warstwy t oraz od warstwy dolnej (16-bottom) do warstwy b.
I malutki przykładzik: ([2:1+(((2*4)+(6*8))+((9*11)+(13*15)))+16:15])
I teraz, bazując na powyższym, musisz skleić sobie odpowiednią formułę tak aby budowa PCB była taka jaką sobie wymarzyłeś
Niestety nie jestem w stanie więcej pomóc, bo ciągle to stanowi dla mnie czarną magię
