Pomijam już, że to #define F_CPU w kodzie do masakra ...

ale sam kod ... hmmm a czegóż się po nim spodziewasz , jeśli w pętli głównej programu wstawiłeś "return 0" ?

polecam tobie książkę

http://atnel.pl/mikrokontrolery-avr-jezyk-c.html

warto od niej zacząć i pisać takie pierwsze kody z pełnym zrozumieniem - bo już na samym jej początku dotyczącym pierwszych programów na procka wyjaśniam co, jak i gdzie a także od czego zależy - do czego jest "return 0" i dlaczego się z tego nie korzysta w zasadzie w prockach - gdy stosuje się pętlę główną ..... ty zaś mieszasz to jak się tylko da

------------------------ [ Dodano po: 2 minutach ]

krótko mówiąc wywal ten "return 0" ale dalej kod nie będzie ci działać pewnie zgodnie z oczekiwaniem w pełni więc wywal też z kodu i nigdy nie używaj

#define F_CPU ... chociaż to też tu nie jest problemem i kod dalej nie będzie działać pewnie tak jak chcesz - no ale będzie działać poprawnie

tobie za to łatwiej będzie go dalej rozbudowywać

Za to PODSTAWĘ na miganie diodą LED znajdziesz ZAWSZE tutaj:

http://mirekk36.blogspot.com/2015/07/ec ... ogram.html

A może to jest migająca dioda? Są takowe...
Podłącz ją tylko pod zasilanie (przez rezystor) bez procka.

Film jest niedostępny
Oczywiście diodę podłączyłeś przez rezystor?

Na początek, któtka analiza tego co napisałeś.
No to po kolei...

[syntax=c]#define F_CPU 8000000UL[/syntax]
Tej linijki kodu nigdy nie wpisujemy w kodzie, tylko ustawiamy we właściwościach projektu.

Zerowanie więcej niż jednego bitu lepiej zapisać tak:
[syntax=c]PORTB &= ~ ((1<<PB3) | (1<<PB4));[/syntax]
a nie tak:
[syntax=c]PORTB &= ~(1<<PB3) | ~(1<<PB4);[/syntax]

Jeszcze przed pętlą główną ustawiasz PB3 i PB4 w rejestrze kierunku jako wyjścia.
[syntax=c]DDRB |= (1<<PB3) | (1<<PB4);[/syntax]
Następnie ustawiasz na nich stan niski. Z tego co widzę, masz podłączoną jedną diodę LED jej anodą do Vcc, więc by dioda ta się zaświeciła musisz podać stan niski na jej katodę. Stan wysoki natomiast podajesz na jej katodę, by je wyłączyć. W takim razie na samym początku teoretycznie (bo masz podłączoną tylko jedną diodę do chyba PB3) obie diody zostaną zapalone.
Teraz program wchodzi do pętli głównej while(1) i napotyka na linijkę, która gasi diodę podłączoną do PB3:
PORTB |= (1<<PB3);
Następnie czeka sobie 1000ms.
Po czym gasi drugą diodę podłączoną do PB4.
PORTB |= (1<<PB4);
Znowu czeka 1000ms.
Po czym napotyka na instrukcję return.
Instrukcja return powoduje wyjście, opuszczenie funkcji, więc program ten kończy swoje działanie.

Jeżeli Twoim celem było napisanie programu, który ma zapalić diodę na PB3, po sekundzie zapalić diodę na PB4, przez kolejną sekundę diody te mają się świecić, po czym na sekundę mają zgasnąć i tak w kółko, to program ten mógłby wyglądać tak:
[syntax=c]#include <avr/io.h>
#include <util/delay.h>

int main(void)
{
DDRB |= (1<<PB3) | (1<<PB4);
PORTB |= (1<<PB3) | (1<<PB4);

while (1)
{
PORTB &= ~(1<<PB3); // zapalenie diody podłączonej jej katodą do PB3
_delay_ms(1000);
PORTB &= ~(1<<PB4); // zapalenie diody podłączonej jej katodą do PB4
_delay_ms(1000);
PORTB |= (1<<PB3) | (1<<PB4); // zgaszenie obu diod
_delay_ms(1000); // bez tego dodatkowego delay'a dioda podłączona do PB3 będzie się cały czas świecić
}
}[/syntax]

Widzisz dodałem jeszcze jednego delay'a, bo bez niego dioda PB3 będzie się cały czas świecić.
Będzie tak dlatego, że po wykonaniu tej linijki kodu:
[syntax=c]PORTB |= (1<<PB3) | (1<<PB4); // zgaszenie obu diod[/syntax]
program przeskoczy do tej na samym początku w pętli while:
[syntax=c]PORTB &= ~(1<<PB3); // zapalenie diody podłączonej jej katodą do PB3[/syntax]
Nie będziesz w stanie zaobserwować jej zgaszenia.
Natomiast dioda podłączona do PB4 będzie zapalała się na 1000ms i gasła na 1000ms.

Osobiście polecam Ci zacząć przede wszystkim od książki:
http://atnel.pl/mikrokontrolery-avr-jezyk-c.html
i od poczytania bloga:
http://mirekk36.blogspot.co.uk/2012/01/avr-porty-wewy-dir-podstawy.html
http://mirekk36.blogspot.co.uk/2015/07/eclipse-start-plus-pierwszy-program.html
http://mirekk36.blogspot.co.uk/2011/11/dlaczego-eclipse-zamiast-avr-studio.html

Powodzenia!

O i Mirek mnie ubiegł!

#include <avr/io.h>
#include <util/delay.h>

int main(void)
{
DDRB |= (1<<PB3);
PORTB |= (1<<PB3);

while (1)
{
PORTB &= ~(1<<PB3); // zapalenie diody podłączonej jej katodą do PB3


}
}