Piszesz o położeniu więc wnioskuję, że musisz reagować na każdy impuls z enkodera zarówno dodatni jak i ujemny więc polecam Ci
https://www.youtube.com/watch?v=IP5t_XzfRRM ilość impulsów zapisujesz do zmiennej i masz gotową wartość do zapisu na kartę. Oczywiście w tzw. międzyczasie pewnie trzeba będzie wartość zmiennej przeliczyć na jakieś stopnie ale to nie problem.
Teraz co do zapisu w tym samym czasie to dosłownie się nie uda ale:
w przerwaniu timera wywołujesz funkcję zapisu na kartę do której przekazujesz dwie zmienne
- pierwsza położenie
- druga prędkość
praktycznie ilość cykli zegara pomiędzy zapisaniem dwóch zmiennych jest tak mała, że możemy uznać, że nastąpi to w tym "samym czasie"
Co do samego odczytu enkoderów to z filmików dowiesz się wszystkiego. Czas 50ms to dla procka ślimacze tempo więc zrealizujesz to bez problemów